《杭州师范学院学报》（自然科学版）原附于综合版之下，2002年《杭州教育学院学报》并入后改为自然科学版，拥有了独立的刊号。现为双月刊，大16开，80页。学报以坚持党的出版方针、繁荣学术为办刊方针，主要刊登校内外学者在数学、物理学、化学、生物学、信息工程学、地理学、体育学以及技术科学、交叉学科的基础研究与应用研究方面的学术论文。2005年起增加医学学科的内容，进一步加强了该版的力量。学报与校内外的许多专家学者建立了良好的合作关系，拥有一支优秀的作者和审稿人队伍。学报努力反映最新学术成果，促进学术交流，加强学术研究与实践应用的结合、基础研究与技术进步的结合，并密切配合学校重点学科建设，取得了良好的社会影响。